ルワンダと日本は、1962年に国交を樹立して以来、長年にわたり良好な二国間関係を築いてきました。ルワンダは、1979年5月に東京に大使館を開設しましたが、2000年9月には、債務超過の貧困国（HIPC）プログラムの枠組みの中で行われた経済・財政再建のために、大使館を閉鎖せざるを得なくなりました。 その後、ルワンダ大使館は、2005年1月に再開されました。
 
両国は、政府要人による定期的な取り組みに支えられ、ますますダイナミックな関係を享受しています。二国間関係のハイライトは、2019年のポール・カガメ大統領の2回にわたる訪日です。1月7日～10日には、安倍晋三元首相と首脳会談を行ないました。8月28日～30日には、横浜で開催された第7回アフリカ開発会議（TICAD7）に出席し、日本とハイレベルの二国間会談を行いました。両訪問では、既存の二国間関係を強化し、日本との協力を深めました。また、2022年11月14日カガメ大統領はG20首脳会合出席のためインドネシアを訪問中の岸田文雄内閣総理大臣と首脳会談を行い国際場裏においてより一層連携していくことを確認しました。

ルワンダと日本の二国間協力は、経済、貿易・投資、技術支援、能力開発の分野において、着実に進展しています。両国は、交通、エネルギー、水・衛生、農業、教育などの重点分野で実質的な協力を行っています。そのほかにも、ICT、宇宙・地理空間情報技術の分野で協力を推進しています。日本の支援は、プロジェクト及び非プロジェクト無償資金協力、技術支援、プログラム・アプローチ、円借款を通じて行われています。両国は今後も二国間関係を発展させ、協力を推進していくことを確認しています。